로또사업자인 나눔로또 측은 로또조작 의혹에 대해 사업운영절차와 서로 다른 프로그램을 사용하는 각 시스템 기능에서 생긴 오해라고 해명했다.
나눔로또는 “로또복권은 회차가 마감되면 메인시스템의 모든 데이터를 감사시스템으로 전송 완료한 후 추첨처리규정에 따라 추첨을 진행하고 있다”며 “또 정상 발매된 복권데이터는 메인시스템과 감사시스템 간에 불일치한 사례가 없었다”고 반박했다.
이어 “시스템 오류는 사업 초기 시스템이 안정되지 못해 발생한 사소한 문제”라며 “초기에 일시적으로 나타난 전산 오류일 뿐”이라고 덧붙였다.
나눔로또 관계자는 “공인된 제3의 기관으로부터 철저한 검증을 거쳐 투명성과 신뢰성을 증명하고 있기 때문에 서민들의 희망이 되고 있는 로또를 조작한다는 것은 상상할 수 없는 일”이라고 일축했다.

한편 1999년부터 발행된 로또복권은 1기 국민은행과 코리아로터리서비스에 이어 현재 유진기업, LG CNS, 농협중앙회, 인트라롯, Ktems, 엔젤로또, 삼성출판사 등으로 구성된 2기 유진그룹 컨소시엄이 발행 및 사업권을 갖고 있다.