46년 경남 마산 출신인 윤 내정자는 10회 행정고시에 합격하면서 공직과 인연을 맺었다. 이후 재무부 국제금융과장, 은행과장, 금융정책과장을 거쳐 증권국장, 금융국장, 재경원 세제실장, 금융정책실장 등을 거친 금융맨이다.
윤 내정자는 직원들을 세심하게 배려하며 권한과 책임을 주면서 추진력 있게 업무를 처리하는 보스 기질이 강하고 후배들의 신망도 두텁다. 1997년 재정경제원 금융정책실장으로 일할 당시 외환위기 발생의 책임을 지고 물러나 세무대학장과 아시아개발은행(ADB) 이사로 근무했다.
2004년 8월 금융감독위원장 겸 금융감독원장으로 화려하게 복귀해 역대 위원장 가운데 처음으로 임기 3년을 채웠다. 특히 참여정책 방향과 달리 산업자본의 은행 소유를 제한하는 금산분리 정책의 완화를 꾸준히 주장해 청와대 386세대와 갈등을 빚기도 했으나 소신을 굽히지 않았다. 그는 2007년 금융감독원장 임기를 한 달 남겨둔 당시 “산업자본이 금융자본에 돈을 쓰지 못하게 대못질을 한 것은 참으로 어리석은 일”이라고 지적한 바 있다.
또 2006년 2월에는 산업자본이 금융기관 지분 5% 이상을 보유할 수 없도록 한 금융구조개선에관한법률, 즉 금산법과 관련해 “금산 분리 원칙을 철저히 지키면 국내 유동성이 풍부한 상태에서 오히려 역차별이 발생한다는 지적은 타당성이 있다”고 밝히는 등 금산분리 완화를 꾸준히 주장해왔다.
부인 이정혜(60) 씨와의 슬하에 1녀를 두고 있다.